Naruto: Gekitou Ninja Taisen! 3

Naruto: Gekitou Ninja Taisen! 3 é a terceira parcela desta série. O jogo foi anunciado em 3 de agosto de 2004 e lançado no Japão em 20 de novembro de 2004. O jogo cobre os eventos do anime desde os Exames Chunin até o arco da Busca por Tsunade. Esta parcela introduz a habilidade de mudar de formas durante o combate e dá a alguns personagens um segundo ataque especial. Além disso, o jogo expande o modo tag-team de Clash of Ninja 2, permitindo que o jogador use especiais de equipe. Embora este jogo tenha sido lançado exclusivamente no Japão, ele recebeu mais tarde uma porta aprimorada sob o nome Naruto: Clash of Ninja Revolution com menos personagens.